O gerenciamento do sistema de informação zoossanitária, o estudo e a análise da distribuição dos fenômenos zoossanitários em populações animais de interesse econômico ao Brasil e a avaliação da eficácia das intervenções realizadas no âmbito da saúde animal, são as principais atribuições da Divisão da Epidemiologia, para subsidiar as ações dos programas oficiais. A Divisão de Epidemiologia é constituída pelos Serviços de Informação Zoossanitária - SIZ e Serviço de Análise Epidemiológica – SAE.